Câu lạc bộ được thành lập năm 2011 với tên gọi Nogometno društvo Ajdovščina[2] sau sự tan rã của NK Primorje, một câu lạc bộ giải thể vài tháng trước đó vì nợ tài chính lớn, và không được chứng nhận thi đấu cấp bởi Hiệp hội bóng đá Slovenia.[3] Danh hiệu và thành tích của hai câu lạc bộ là độc lập hợp pháp theo Hiệp hội bóng đá Slovenia.[1] Đội bóng hợp nhất đội chính với ŠD Škou trước khi bắt đầu mùa giải 2012–13.[4] Đội bóng giành quyền thăng hạng cấp độ 3 sau khi giành vị trí á quân tại Littoral League 2012–13.[5][6]

Năm 2016, câu lạc bộ đổi tên thành ND Primorje.[2]